在新三板市场2016年度非标审计意见中，带强调事项段的无保留意见占比最高，达到85.43%。A股市场亦然，75份带强调事项段的无保留意见占A股当年非标审计意见比重为71.42%。但值得注意的是，在被审计机构强调的具体事项方面，A股和新三板同中有异。
在新三板市场129份带强调事项无保留意见中，审计机构强调最多的是持续经营能力，占比达79.84%。其次是当年发生的非经常性特殊事项，影响经营风险，短期经营能力，涉及诉讼，应收账款，关联交易等相关事项，该部分事项合计占比达20.16%。
值得关注的是，亏损，连续亏损，甚至连续多年亏损，是导致103份审计报告强调 报告期内存在导致可持续经营能力存在重大不确定性的事项的最主要原因(虽然挂牌公司在年报中披露了拟采取的改善措施).例如，挂牌公司泰信电子(430576.OC)审计机构在其2016年度审计报告中强调，泰信电子2016年度亏损500.92万元，且连续四年亏损。同样，罗伯特(832137.OC)被审计机构强调近五年持续亏损。
在多数因亏损被出具带强调事项无保留意见的挂牌公司审计报告中，审计机构同时提示报表使用者注意经营性现金流为负，流动负债大于流动资产等问题。ST中通(835426.OC)在被强调亏损的同时，被其审计机构提示2016年末经营活动现金流为-479.44万元，资金周转困难等。洁利康(835310.OC)在被强调亏损的同时，被强调2016年末流动资产小于流动负债5165.11万元，存在逾期贷款(2017年2月予以偿还)等。
另外，逸家洁(836594.OC)被强调公司自成立(2012年4月)后持续亏损，2016年净亏损9451.29万元等。蓝擎股份(833569.OC)，在被强调当年亏损的同时，被提示当年净利润主要来源于政府补助。
此外，报告期内出现影响公司的非经常性特殊事项也是审计机构强调事项之一，共涉及10份审计报告，占比达7.75%。科瑞达(832189.OC)就因购房预付款的回收风险被审计机构出具带强调事项段无保留审计意见。
截至财务报表批准日，科瑞达已支付河北一家房地产开发公司购房款1050.00万元。但这家房地产开发公司已破产重整，科瑞达对其进行的债权申报尚在审核认定中。虽然科瑞达对该部分预付款计提了210万元的资产减值准备，但仍因该事项被出具带强调事项无保留意见审计报告。
而画店文化(833188.OC)被强调的原因是，2016年末存货中油画的金额755.17万元，远大于当期油画的销售金额(3.8万元)，审计机构因此认为该公司未来对油画的销售存在重大不确定性。曼克斯(831854.OC)因2016年末账龄1年以上的应收账款占比73.76%，催收货款效果具有不确性被审计机构强调。
此外，博世德(833191.OC)因对外借款回收具有不确定性被出具带强调事项无保留意见。中准会计师事务所在审计报告中披露，博世德在已知对方公司陷入经营困境后，仍于2016年度同意向该公司借出周转金212.33万元。