除了企业集中延迟披露年报外，不少已披露年报的企业因质量问题收到监管问询。据中国证券报记者统计，截至5月22日，全国股转系统发出超过43份年报问询函。一位新三板信息服务平台负责人告诉中国证券报记者，新三板市场的主要服务对象是中小微企业，规模普遍较小且资质良莠不齐。从问询函的力度也可以看出股转系统正在强化对挂牌企业年报披露的监管力度。
从目前情况看，问询函涉及的内容主要包括企业持续经营能力、异常财务数据的核实、经营数据披露不到位、会计事务所变更、关联交易等方面。
其中，年报的财务问题受到了重点关注。如股转系统对朗朗教育提出的三个问题均属于财务问题，涉及长期待摊费用、营业外支出、销售费用。以长期待摊费用为例，2016年末，郎朗教育长期待摊费用较期初增长4328.13%。股转系统要求，其对待摊费用的相关问题进行回复。傲基电商的财务数据亦被问询，涉及存货、应付账款、关联交易等多项财务数据。股转系统要求公司解释，2016年年末存货与应付账款余额均出现了大幅增长的原因，并要求会计师事务所说明相应的审计程序。
此外，股转系统就企业可持续经营能力频频下发问询函。如创新层企业九恒星，股转系统要求九恒星说明，报告期内研发项目内容和资本化依据；在主营业务未发生重大变化的情况下，研发总投入超过1亿元的原因。
在对奇智奇才的问询中，全国股转系统指出，奇智奇才营业收入较上期下降明显，且持续亏损，经营活动现金流量净额持续为负数。截至期末，公司存在大额向控股股东资金拆借且期末货币资金仅为30.64万元。股转系统要求奇智奇才说明，针对现金短期流动性风险拟采取的应对措施，公司当前经营性回款能力能否满足日常经营性支出，能否按期支付员工薪酬，公司可持续经营能力是否存在风险。
值得关注的是，在多封问询函中往往涉及多个问题，包括交易关联方、企业持续经营能力、财务数据真实性等。如对日升昌年报审核中，全国股转公司发现，公司2016年期末贷款余额1.75亿元。其中，不良贷款由2015年的1520.5万元增加到5828.29万元，占比33.26%；期末贷款损失准备余额3774.26万元，同比增加223.29%。对此，全国股转公司要求日升昌说明，其不良贷款中是否存在向关联方的贷款，如存在是否履行必要的内控程序；33.26%的不良率是否影响企业的持续经营能力；是否存在现金流断裂、债务违约的风险。