《中华人民共和国印花税暂行条例》(国务院令第11号)，对证券发行书据记载金额与溢价收入分别依照"产权转移书据"与"营业账簿"税目，按0.5‰的税率课征印花税。
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)，证券代销与证券包销分别依照"现代服务"与"金融服务"税目，按6%的税率缴纳增值税。
交易环节
买卖、继承、赠与优先股所书立的股权转让书据,均依书立时实际成交金额,由出让方按1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)，金融商品转让，依照"金融服务"，按6%的税率差额计税。同时规定合格境外投资者(qfii)委托境内公司在我国从事证券买卖业务、证券投资基金(封闭式证券投资基金，开放式证券投资基金)管理人运用基金买卖股票、个人从事金融商品转让业务免征增值税。
持有环节
居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益和在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益;免征企业所得税，但不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
转让环节
企业进行"新三板"股票交易，转让股票属于"财产转让"范畴，依据转让收入扣除股权原值及相关费用后的余额按照25%的税率计征企业所得税。
客观来说，我国目前新三板市场税收体系尚不完善，除了新三板市场挂牌公司股权激励个人所得税，新三板市场其他已明确或未明确的税收政策皆执行的是适用于我国整个证券市场的税收制度。
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