三只松鼠招股说明书披露，三只松鼠2014年度、2015年度的毛利率分别为24.15%和26.90%。根据三只松鼠的统计，来伊份、盐津铺子、好想你等可比实体店2014、2015年的平均毛利率为43.06%和43.69%。虽然2016年三只松鼠毛利率为30.20%，呈现稳定增长之势，但与实体店同行相比依然有不少差距。
三只松鼠解释称，“2014-2015年是公司的快速发展期，需通过价格策略扩大市场份额，因而公司毛利率低于可比公司。“所谓“价格策略”，说明三只松鼠并未脱离零食电商品牌通过大打“价格战”，求得大幅业绩增长的套路。
与此同时，零食电商品牌必须承担高昂的平台推广费、平台佣金以及物流快递等费用。以百草味为例，据公开资料显示，上述三项费用曾经在百草味2013年、2014年以及2015年前三季度的销售成本中分别占到61.4%、69.8%、68.8%的比重。食品电商品牌几乎沦为电商平台的打工仔。
值得注意的是，电商平台催生“爆款”的特性一方面使得多数零食品牌聚焦于坚果等热门品类，缺乏强势的新品研发能力，使得同质化竞争严重。相比之下，线下连锁零食专业店则更注重新品开发，例如某连锁零食专业店看到休闲健身活动营收同比增长15.4%，因而开发具备充饥、能量补充等特性的运动饮品，市场表现良好。
为此，不少电商品牌试图弱化对天猫商城、京东、1号店等线上销售平台的依赖度。通过开发自营APP，团购、线下实体店等新渠道，成为能够存活的“独立品牌”。如此一来，线下实体零食专业店不仅要与同业态经营者竞争， 还要面对涉足线下的电商品牌，以及不少传统零售商新近开出的自有零食“店中店”，竞争激烈可见一斑。
“从目前来看，首先是连锁零食品牌去整合数量众多的个体零食品类经营者，当市场逐渐被几大巨头切割完成，就是品牌与品牌间的互相吞并。即使市场份额巨大，为提升对零食产业前、后端的掌控力，老大都想去吃掉老二，老二也试图上位，所谓的“诸侯割据”注定不会长久。”某上市零食连锁品牌商品总监分析称。